Le Ministère de la Santé dispose de deux (02) directions centrales et trois (03) directions techniques.
Les deux (02) Directions Centrales sont:
- La Direction des Systèmes d'Information (DSI)
- La Direction de la Programmation de l'Administration et des Finances (DPAF)
Les trois (03) Directions Techniques sont :
- La Direction Générale de la Médecine Hospitalière et des Exploration Diagnostiques(DGMHED)
- La Direction Nationale de la Santé Publique (DNSP)
- La Direction de la Recherche, de la Formation et de la Médecine Traditionnelle (DRFMT)